当寺は天台宗医徳山薬師寺と号し、今より千二百余年に遡る。宝亀十年（779年）千寿院として草創された。のち嘉祥元年（848年）慈覚大師円仁が開基したと伝えられる会津屈指の古刹である。その後、平泉藤原氏が滅亡の際、藤田式部忠重の氏族、佐藤清純が平泉高館に祀ってあった薬師像を持ち帰り、建久元年（1190年）円鑁沙門が寺構を再建して薬師堂を造営し、これより薬師寺と称するようになった。
近年に護摩堂を興して、希有の車不動尊を勧請した。