現在、真言宗智山派に属し、その昔、男鹿にあった日積寺永禅院の塔頭の一ヶ寺として創建され、天台宗の寺院であった。
南北朝時代の頃に日積寺は真言宗に改宗するが、玉蔵寺も、その時改宗したものと思われる。
今から約３００年前、元禄の頃と思われるが、鯉川の寺畑（現在地より北方、高台の山林）へ移転、さらに２００年前頃、現在地へ移転した。
今の本堂は昭和５８年に建立。本堂内陣の丸柱は、神代欅を使用。数千年、土の中に埋もれていた欅の丸柱が、神々しい光を放っている。