多聞院の開山は、慈覚大師・安慧。一説には元禄年間（1688年）の創建ともいう。羽黒山系天台宗から発展した寺院という説もある。
松前船・辰悦丸が航路の安全を祈願し、階の石段を寄進している。また、同船の錨は寄進され、境内に置かれている。