長根寺の伝説によると、宮古市小山田に大同年間（807年）坂上田村麻呂が閉伊の蝦夷征討の折に勧請されたと伝える薬師堂があり、その社に保存されている鐘がある。その銘に曰く、黒森に観音長根に弥陀仏を奉祀し三所一体の霊場とする意味のものである。本薬師の勧化帳に嘉永元年（1848年）黒森権現、長根寺共に田村麻呂の草創也とある。