嶺梅院の縁起は定かではないが、一部に伝わる古文書に次のように記されていた。
永福山嶺梅院は無等良雄禅師（南朝の忠臣萬里小路藤房卿と伝えられる）の閑居寺にして、現在の松原・補陀寺の場所に創建した。その後、寺風は荒廃して一宇を残していたが、寛延年中（1748年）蒼龍寺の桂岩極芳和尚が現在地に再興し、後地に補陀寺を移して曹洞禅の教化につとめたということである。